水産科学院（大学院）は，本学が掲げる４つの基本理念（フロンティア精神，国際性の涵養，全人教育，実学の重視）の下，海洋生物資源科学専攻と海洋応用生命科学専攻の２専攻を設置し，海洋，水産に関わる自然科学から社会科学までの広範な専門分野を包括する水産科学を基盤とした水圏生物資源の持続的な利用を見据え，地球規模での環境保全と生産の調和に関する基礎から応用に至る知識及び研究能力と国際的な視野と行動力を有する人材の養成を行うことを教育目標としています。

大学院水産科学院では，この目標とする人材像に求められる具体的な能力（学位授与水準）を博士前期課程（修士課程）と博士後期課程において定め，当該能力を身につけ，かつ所定の単位を修得し，学位論文の審査および試験に合格した者に修士または博士の学位を授与します。

水産科学院（大学院）は，学位授与の方針で掲げた教育目標に即し，次の項目に記す能力を持つと認められる者に対し，修士または博士の学位を授与します。